Programa tradicional de distribuição gratuita ou com desconto de 90% de remédios subsidiados pelo Ministério da Saúde, o Farmácia Popular fez essa distribuição entre  julho de 2015 e dezembro de 2020, e também vendeu R$ 2,57 bilhões em medicamentos sem nota fiscal que comprovasse a compra pelo estabelecimento credenciado.  As conclusões constam de auditoria da Controladoria-Geral da União (CGU).

Em relação à venda sem nota fiscal, a auditoria constatou que os gastos com remédios sem nota fiscal equivaleram a 18,5% dos R$ 13,8 bilhões desembolsados pelo Farmácia Popular no período da investigação. Os comerciantes que cometeram irregularidades, destacou a CGU, podem sofrer punições, como a devolução dos recursos, o pagamento de multa e até descredenciamento do programa.